Yemeklerden sonra ortaya çıkan şişkinlik, gaz ve karın ağrısı gibi semptomlar bazı kişilerde besin alerjisini düşündürse de, her sindirim sistemi yakınması alerji anlamına gelmiyor. Besin alerjileri, intoleranslar ve çeşitli sindirim sistemi hastalıkları benzer şikayetlere yol açabilse de ortaya çıkış mekanizmaları birbirinden farklıdır.\n\nSon yıllarda yapılan araştırmalar, bağırsak bariyerinin bütünlüğündeki değişiklikler ile bazı bağışıklık sistemi hastalıkları ve besin alerjileri arasında ilişki olabileceğine işaret etmektedir. Bağırsak bariyeri yalnızca fiziksel bir engel değil; bağırsak mikrobiyotası ve bağışıklık sistemiyle sürekli bir etkileşim söz konusudur. Ancak bu ilişki tek yönlü değildir ve genetik özelliklerden çevresel faktörlere kadar çok sayıda değişkenden etkilenmektedir.\n\nBağırsak mikrobiyotasının yapısı ve çeşitliliği yaş, beslenme, kullanılan ilaçlar ve çevresel etkenler tarafından etkilenebilir. Güncel araştırmalar, besin alerjisi bulunan bazı kişilerde bağırsak mikrobiyotasında farklılıklar göz lemektedir. Bununla birlikte probiyotik, prebiyotik veya fermente gıdaların tek başına besin alerjilerini önlediği ya da tedavi ettiği düşüncesi bilimsel açıdan kabul görmemektedir. Tekrarlayan sindirim sorunları yaşayan kişilerin, belirtilerin nedenini belirleme için hekim tarafından değerlendirilmesi önerilmektedir.